Virus Ninja 2 jest grą akcji, w której gracz musi uderzać jak ninja, aby zabić wirusy. Wirusy będą pływać po ekranie. Gracze mogą przeciągnąć myszką lub przesunąć palcem po wirusach, aby przeciąć je na pół i sprawić, że pękną. Celem gry jest zabicie jak największej liczby wirusów. Gracze mogą wygrać dodatkowy czas i zebrać lekarstwa, które pomogą im w walce z wirusami, ale nie wolno im posiekać bomb.